Elektronik ticarette alıcı ve satıcı birbirlerini görmeksizin iş yaptıklarından karşılıklı olarak güvenin sağlanması için ek bir takım önlemler almaya ihtiyaç duyarlar. Öncelikle alıcı ve satıcı taraflar birbirlerinin kimliklerinden emin olmak isterler. İşte bu ihtiyaç dijital imza ve dijital sertifikaların geliştirilme nedenidir. Bunlar aracılığıyla iki taraf birbirlerinin kimliğinden emin olabilmektedir . Türkiye'de şu anda dijital sertifikalar ile ilgili yasal altyapı henüz oluşturulmadığı için alıcı tarafında bulunan bireysel kullanıcılar henüz dijital sertifika kullanmaya başlamamışlar, satış yapan siteler de müşterilerine bunu şart koşmamışlardır. Bu nedenle satıcılar alıcıların kimliklerini kontrol edememektedirler. Ancak Garanti Bankası'nın ödeme sistemini kullanarak Internet'ten satış yapmak isteyen firmalara bankamız bu şartı getirmiş ve böylece tüketicilerin alışveriş yaptıkları sitenin kimliği ile ilgili kuşku duymalarını önlemiştir. 

Elektronik ticarette güvenlik konusunda değerlendirilmesi gereken diğer bir konu da alıcıların elektronik ticaret sitelerinden alışveriş yapmak için vermek durumunda kaldıkları kredi kartı vb. bilgilerin Internet üzerinden iletilirken üçüncü şahısların eline geçmesi riskidir. Bilindiği gibi özellikle telefonla yapılan satışlarda (gazeteye ilan vermek, katalog satışları vb) kredi kartı numarası ve son kullanma tarihi alışveriş için yeterli olmaktadır. Bu yüzden bu bilgilerin korunması elektronikticaretin gelişimi için büyük önem taşımaktadır.

Ancak elektronik ticarette kredi kartı bilgilerinin başkalarının eline geçme riski günlük hayattakine göre çok daha azdır. Günlük hayatta ödeme yaparken kredi kartı bir başkasına verilmekte, bu yüzden kredi kartının üzerindeki bilgilerin gizliliği büyük oranda ortadan kalkmaktadır. Sanal alışveriş hizmeti veren firmalar, kredi kartı bilgilerinin güvenliği ve gizliliğini sağlamak için yaygın olarak SSL ve SET gibi güvenlik standartlarını kullanmaktadırlar. Kullanıcı, işyeri ve banka arasındaki veri akışı sırasında bilgilerin şifrelenerek aktarılması esasına dayanan güvenlik sistemleri sayesinde bilgilerin başka bir kişinin eline geçmesi durumunda çözülebilmesi (yani kullanılabilmesi) önlenir.